“江西省农业微生物资源开发与利用工程实验室”在南昌市发酵应用技术重点实验室基础上，依托江西农业大学省级重点学科微生物学，于2014年12月26日经江西省发展和改革委员会批准建成。

工程实验室围绕江西省绿色生态可持续发展理念，针对农业废弃物、农产品污染控制、农业微生物制剂以及农业生态修复的科技需求，开展以生物活性为导向，运用传统与高通量筛选、发酵调控和生化工程的理论与技术手段，研究农业微生物产业共性及关键技术的理论与机制，建立生物农药、农业废弃物生物转化、农田污染物生物修复等领域的菌种资源库，解决生产实际问题，提升农业微生物产业创新能力，促进农业产业转型升级，为实现我省农业生产的高产、优质、高效、生态、安全提供科学依据和技术支撑。

实验室一直以来发扬“尊重人才、鼓励创新、容忍失败”的传统，坚持“立足自身、广泛合作、吸收创新”的道路，形成了一支技术水平高、年龄结构合理、战斗力强的人才队伍。现有固定研究人员26名，其中教授6人，副教授（高级工程师、高级实验师）12人，讲师8人，90%以上具有博士学位；外聘研究人员6名；流动研究人员40余名。实验室面积达2000多平方米，分为农业微生物资源高通量筛选研究室、微生物理化与分子育种室、微生物活性物质评价与质量控制室、代谢调控及发酵工艺控制室、发酵产物分离制备室等5个研究室；拥有从5升至1000升全自动不锈钢发酵罐、各类色谱仪、定量分析PCR以及自动稀释、分装高通量等设备。设备资产达2000余万元。

近五年取得的标志性成果包括：柑橘采后保鲜微生物资源开发与利用、微生态制剂产生菌的选育与发酵、复合腐解菌剂以及嗜热偶氮染料降解复合菌系的研发、酒糟蛋白饲料的研制、秸秆微生物降解与还田、真菌资源分类与开发、微生物蓝细菌生物合成液体燃料等。实验室研究人员目前承担在研科研项目51项，其中国家自然科学基金项目23项，省部级项目19项，厅级项目9项。2016年度发表论文25篇，其中SCI论文9篇，EI2篇，其它核心期刊以上论文14篇；申请专利2项，授权3项；获得江西省自然科学三等奖1项，与企业签订技术合作协议3项。

实验室立足江西、面向国内外，开放运行，实现资源共享。按照研究、开发、中试、产业化的思路，广纳省内外优势单位、优秀人才，积极开展广泛协作，在人才、工程技术和装备条件等资源方面进行优化组合，对农业微生物工程技术中共性、关键性技术问题联合攻关，有效促进成果转化。